西暦1221年 - 承久の乱

1221年（承久3年）、後鳥羽上皇 （ごとばじょうこう） は鎌倉政権を倒すために挙兵した。承久の乱 （じょうきゅうのらん） である。
源頼朝の妻・北条政子と鎌倉幕府第2代執権・北条義時 （ほうじょうよしとき） は鎌倉武士団をまとめ、上皇軍を打ち破った。
この乱の結果、幕府が朝廷を監視・管理するようになり、皇位継承などにも影響力を持つようになる。

鎌倉幕府は、全国の荘園に地頭 （じとう） を配置した。地頭は荘園を経営する豪族（武士）から年貢を徴収したが、これを貴族に支払わないケースが出てきた。また、東国の荘園は、平安時代には摂関家や大寺院に寄進されることが多かったが、これも止まってしまった。こうして貴族の収入が減少していった。

1181年（治承5年）、高倉上皇が崩御したことを受け、後白河法皇が院政を再開する。安徳天皇は退位せずに草薙剣 （くさなぎのつるぎ） とともに海へ没したため、1183年（寿永2年）、後鳥羽天皇が三種の神器が揃わないまま、わずか4歳で即位した。草薙剣がないまま即位したことが、後鳥羽天皇の生涯のコンプレックスになったと考えられている。
1192年（建久3年）3月、後白河法皇が崩御する。その死後、関白・九条兼実が朝廷を取りまとめ、源頼朝を征夷大将軍に任官した。

1198年（建久9年）1月、後鳥羽天皇は土御門天皇に譲位し、院政を開始する。後鳥羽上皇は武士に対抗するため、西面武士 （さいめんのぶし） と呼ばれる親衛隊を組織し、刀を作ることに力を注いだ。力の象徴である草薙剣を失ったことが、刀作りに力を入れる動機になっていたのだろう。
1200年（正治2年）に、後鳥羽上皇は水無瀬離宮 （みなせりきゅう） を造営した。

1202年（建仁2年）、九条兼実が出家し、土御門通親が急死した。源頼朝も他界しており、後鳥羽上皇が名実ともに治天の君となった。
後鳥羽上皇は文武両道に秀でた人物で、収入減少に悩む貴族たちは上皇を頼った。
1203年（建仁3年）10月、後鳥羽上皇から名前をもらった源実朝 （みなもとのさねとも） が鎌倉幕府第3代将軍に就任すると、後鳥羽上皇は和歌を通じて実朝に朝廷政治を教育した。
しかし、1219年（建保6年）1月に実朝が暗殺されると、幕府と朝廷の関係が急激に冷え込んだ。

1221年（承久3年）5月15日、後鳥羽上皇は流鏑馬 （やぶさめ） ぞろいと称して集めた諸国の武士1700人に対し、北条義時を討てという院宣を発し、有力豪族には「恩賞は思いのままにとらせる」という密書を送った。一方、義時は御家人に領地を約束した。
こうして承久の乱が始まる。

幕府は上皇軍と戦う計画を立て、5月19日、源頼朝の妻、北条政子が鎌倉の御所に集まった御家人を前に、源氏三代の恩を振り返り、「この中に朝廷側につこうとする者がいるのなら、まず私を殺し、鎌倉中を焼きつくしてから京都へ行きなさい」という演説を行う。
5月22日、幕府は20万の大軍を京都へ向かわせた。

1221年（承久3年）7月、首謀者の後鳥羽上皇は隠岐島へ、順徳上皇は佐渡島にそれぞれ配流された。討幕計画に反対していた土御門上皇は自ら望んで土佐国へ配流された。後鳥羽上皇の膨大な荘園を含む貴族の荘園は没収され、幕府が管理することになった。
また、幕府は京都守護に代わり六波羅探題 （ろくはらたんだい） を設け、朝廷を監視し、皇位継承も管理するようになった。
こうして武士による本格的な治世がはじまった。

鎌倉幕府は、将軍を補佐する執権（北条氏）がおり、中央（鎌倉）には、源氏の直営部隊である御家人を統率する侍所 （さむらいどころ） 、財政を担当する政所 （まんどころ） 、裁判担当の問注所 （もんちゅうじょ） 、執権を補佐する評定衆 （ひょうじょうしゅう） が置かれた。今日路の六波羅探題は上述の通り。地方には、治安維持を担う守護と、年貢の取り立てや土地管理を行う地頭が置かれた。